De eilanden van de zuidelijke Waddenzee van Texel tot Wangerooge zijn ontstaan doordat er noordwestelijk van Texel en Borkum twee steenriffen in zee liggen. De riffen de zogenaamde Texelse stenen en het Borkumer Riffgrund. Zij zorgen ervoor dat de stromingen en de golven gebroken worden, waardoor er aan de luwe kant zandbanken ontstaan die langzaam naar het oosten wandelen. Uit deze wandelende banken zijn de eilanden ontstaan.
In oostelijke richting worden de eilanden steeds kleiner. Voor een overzicht van de eilanden zie onderaan dit artikel.
De eilanden sluiten een binnen zee in die vanaf Den Helder naar Schillig loopt. en die onderdeel is van het werelderfgoed De Waddenzee, waarbij dit werelderfgoed de zuidelijke Waddenzee, de Helgoländer bucht en de noordelijke Waddenzee bevat.
De zuidelijke Waddenzee is een ondiepe zee die vroeger ook de Zuiderzee bevatte, of beter gezegd heet de Waddenzee pas Waddenzee, toen hij geen Zuiderzee meer heette. Met het voltooien van de Afsluitdijk in 1932 heeft het gebied een grote verandering ondergaan. Stromingen zijn verlegd en voor dieren is een groot overgangsgebied van zout naar zoet verloren gegaan.
